Ese es un problema con AutoCAD que lleva muchos años sin resolver. La causa, la desconozco, pero Mr.CAD no es el único que experimenta este problema. Son muchísimos las compañías que se han quejado al respecto, pero no lo arreglan. De todas formas en el siguiente enlace de AutoDESK se proveen algunas soluciones:

https://knowledge.autodesk.com/support/autocad/troubleshooting/caas/sfdcarticles/sfdcarticles/Windows-Installer-displayed-unexpectedly.html

https://knowledge.autodesk.com/support/autocad/troubleshooting/caas/sfdcarticles/sfdcarticles/You-are-prompted-to-run-Setup-exe-to-install-AutoCAD-when-you-launch-other-software.html

En resumen: lo mejor es que si usted esta experimentando este problema, aplique la sugerencia de reparar (repair) la instalación de AutoCAD. Luego de esto, no debe experimentar el problema, hasta que tengo que re-instalar alguna otra aplicación que sufra de la misma desventaja.